Die Flagge wurde am 18.11.1949 eingeführt. Die Farbenfolge entspricht den Farben des zentralamerikanischen Staatenbundes, zu dem Honduras bis 1866 gehörte. Die fünf Sterne erinnern an die Einheit der mittelamerikanischen Staaten: Guatemala, Nicaragua, El Salvador, Costa Rica und Honduras.

Lage in Mittelamerika: